رغم أن الدستور الإندونيسي يقر الحرية الدينية فإن الحكومة تعترف رسمياً بستة أديان فقط هي:
- الإسلام
- البروتستانتية
- الكاثوليكية
- الهندوسية
- البوذية
- الكونفوشيوسية
إندونيسيا هي الدولة الأكبر في العالم من حيث عدد السكان المسلمين، 88.1٪ من الإندونيسيين هم مسلمون وفقاً لتعدادعام 2000وفي 21 أيار 2011 أنشئ مجلس بين السنة والشيعة الاندونيسية (MUHSIN). يهدف المجلس إلى عقد اللقاءات والحوارات والأنشطة الاجتماعية، وكان رداً على العنف المرتكب باسم الدينغالبية المسلمين في إندونيسيا هم من السنة، ونسبة 9٪ من السكان هم مسيحيون و3٪ هندوس، و 2٪ بوذيون أو أقليات أخرى. معظم الهندوس الإندونيسيون هي باليونومعظم البوذيين الحاليين في إندونيسيا هم من العرقية الصينية.وعلى الرغم من الأقليات الدينية الهندوسية والبوذية فإن تأثيرها ما زال ظاهراً في الثقافة الإندونيسية. دخل الإسلام لأول مرة في إندونيسيا في شمال سومطرة في القرن الثالث عشر الميلادي، من خلال تأثير التجار، وأصبح الدين السائد في البلاد في القرن السادس عشرووصلت الكاثوليكية الرومانية إلى إندونيسيا من قبل المستعمرين والمبشرينالبرتغاليين الأوائل،وانتشرت البروتستانتية إلى حد كبير نتيجة الجهود كالفينية واللوثرية التبشيرية الهولنديةخلال فترة استعمار البلاد.وهناك نسبة كبيرة من الإندونيسيين يدينون بديانات أخرى مثل الأباغانالجاوية والهندوس الباليون، والمسيحيين الداياك والقليل من الأرثودكس إضافة إلى مذهب التوفيق بين الأديان، والذي يعتمد على مشاركة وتوافق العادات والتقاليد والمعتقدات.