هناك تنوع في الحياة البريّة لأندونيسيا من حيث النباتات والحيوانات فكون أنّ لها مساحة كبيرة ومناخاً استوائيّاً وطبيعة تضاريسها المتنوعة ما بين غابات وسواحل وشواطئ وكثبان رمليّة وغيرها جعلتها تقع في المرتبة الثانية بعد البرازيل من حيث التنوع البيولوجي. ومن الحيوانات التي تعيش في أندونيسيا الفيل ووحيد القرن وحيوان الببر والفهد وكذلك الحيوان المُلقب بإنسان الغاب وطير الزرزور. ويقدر عدد أنواع الطيور في أندونيسيا بحوالي 1531 نوع 36% منها تم توطينها، 515 نوعاً من الثديّات تم توطين 39% منها. وفيها أيضاً تنموالشعاب المرجانيّة وهي تعد من ضمن مثلث المرجان ويوجد فيه أكبر تنوع في العالم من الأسماك وخاصة من أسماك الشعاب المرجانيّة فالحياة البحريّة لديها غنية ومتعددة. تنمو فيها أيضاً العديد من النباتات ومنها أشجار المانغروف وأنواع متعدد من الأزهار كالفل وزهرة رافليسيا أرنولديّة و أوركيدة الشهر السحلبيّة وزهرة الجثة، وتعتبر الفل الزهرة الوطنيّة لهذه الدولة. ولكن مع الأسف فإنّ قطع أشجار الغابات بهدف توسيع العمران وحرائق الغابات وغيرها من الممارسات الغير قانونيّة أدّت إلى تهديد غاباتها وتهديد الكثير من الحيوانات بالانقراض ومنها وحيد القرن وإنسان الغاب.