معظم أراضي أوغندا عبارة عن هضبة يبلغ ارتفاعها حوالي 1200م فوق سطح البحر، وتحيط بها مرتفعات من جميع جوانبها إجمالاً، وتعتبر قمة مارجريتا على جبل ستانلي أعلى ارتفاعات أوغندا، ويصل ارتفاعها إلى 5110م فوق سطح البحر.
تنمو جنوب أوغندا غابات كثيفة، أما الجزء الشمالي منها فإنّه مغطّى بحشائش السافانا، في حين أن الجهة الشمالية الشرقية يسودها طابع شبه صحراوي، وتغطي المياه العذبة حوالي 15% من المساحة الإجمالية للجمهورية، وتوجد فيها العديد من البحيرات المشهورة، مثل: بحيرة إدوارد، وبحيرة فكتوريا، وبحيرة ألبرت.