يرجع تاريخ أوزبكستان إلى عهود موغلة في القدم فقد عثر فيها على آثار إعمار بشري يعود إلى العصر الحجري، ولكن التاريخ المسجل لأوزبكستان أو لتركستان الغربية (بلاد ماوراء النهر عند الجغرافيين والمؤرخين العرب المسلمين) يبدأ حينما دخلت هذه المنطقة ضمن نطاق الامبراطورية الأخمينية في عهد داريوس (542-486 ق.م)، وتعرَّضت المنطقة في القرن الرابع ق.م لجيوش الاسكندر المقدوني[ر]، وأسس ديودوتس حاكم باكترية (بلخ) السلوقي مملكة مستقلة فيها سنة 250ق.م.
انتقلت السيطرة على هذه النواحي إلى الفرس الساسانيين في عهد أردشير الأول سنة 227، وفي العهد الساساني تولى حكم الصغد وباكترية حكام من الأُسرة المالكة الساسانية. وفي أواسط القرن الرابع الميلادي تعرضت تركستان الغربية لغزوات الهون الذين اخترقوا منطقة الصغد في موجات متعاقبة كان آخرها موجة الهياطلة الذين هددوا حدود الامبراطورية الساسانية مايقارب المئتي عام حتى سحقهم كسرى أنوشروان (531- 579) بوساطة غزاة جدد قادمين من وراء نهر سيحون يعرفون بالأتراك الغربيين، وبقيت تحت حكمهم مايقارب القرن. ي نهاية القرن الرابع الهجري/العاشر الميلادي، استولى الأتراك القره خانيون على ماوراء النهر، ولكن حكمهم لم يستمر طويلاً لوقوع هذه المنطقة تحت سيطرة السلاجقة من منتصف القرن الخامس الهجري، وبقيت بلاد ما وراء النهر من ممتلكات السلاجقة ما يقارب القرن، ولكن قبل وفاة السلطان السلجوقي سنجر سنة 552هـ/1157م لم يبق للحكم السلجوقي في ما وراء النهر سوى الاسم، وصارت خوارزم مركزاً لسلالة تركية مستقلة هي سلالة خوارزم شاه، وتعرَّضت المنطقة سنة 617هـ/1220م لاجتياح المغول بقيادة جنكيز خان الذين خلفوا وراءهم الدمار والخراب حيثما حلوا، وبعد وفاة جنكيز خان كانت منطقة ماوراء النهر والسهوب الواقعة شمالي شرقي سيحون وكشغر من نصيب ابنه الثاني جغتاي Chagtai.
The Russians taking over the city of Khiva.
في نهاية القرن الأول الهجري/الثامن الميلادي، فتح العرب المسلمون بلاد ماوراء النهر، والنهر هو نهر جيحون (أمودارية) ومنذئذ دانت البلاد بالإسلام الذي تكامل انتشاره في القرون التالية، ونجح السامانيون (261- 389هـ/874- 999م) في تأسيس سلالة حاكمة في ماوراء النهر، واتخذوا بخارى عاصمة لهم. حكم جغتاي وخلفاؤه من بعده هذه المناطق حتى أوائل القرن الثامن الهجري/الرابع عشر الميلادي، حينما انتقلت ماوراء النهر إلى يد الغازي الكبير «تيمورلنك»، وفي نهاية القرن التاسع الهجري/نهاية القرن الخامس عشر الميلادي، استولى الأوزبك بقيادة محمد شيباني خان على ما وراء النهر. ومع أن محمد شيباني قتل سنة 916هـ/1510م في حربه مع الشاه إسماعيل الصفوي، فإنه غيَّر مجرى تاريخ آسيا الوسطى، لأن الأراضي الممتدة مابين نهري سيحون وجيحون صارت في أيدي الأوزبك وبقيت في أيديهم منذ ذلك الوقت.
حكم الشيبانيون المنطقة حتى سنة 976هـ/1568م حين انتقل الحكم إلى أسرة جانيد Janid. وفي النصف الثاني من القرن الثامن عشر خسر أبو الغازي خان (1758- 1785) آخر حاكم من سلالة جانيد سلطته على زعماء قبائل المانغيت Mangit التي استطاعت بشخص مراد شاه (1785- 1800) أن تغتصب العرش، وفي بداية القرن التاسع عشر الميلادي سيطر على المنطقة الممتدة مابين سيحون وجيحون، ثلاث خانيات: خانية بخارى، وخانية خيوة (خوارزم سابقاً)، وخانية كوكند Kokand (خوقند). ولم يكن لأي دولة من هذه الدول حدود دقيقة مع جاراتها، كما أنه لم يكن لأمير بخارى وخان خيوه إلا سلطان اسمي على قبائل التركمان في صحراء قره قوم.
سقطت تركستان الغربية بما فيها أوزبكستان تحت حكم الاستعمار الروسي في منتصف القرن التاسع عشر، وصارت جمهورية شيوعية، وأُعطيت اسم أوزبكستان الاتحادية، في عهد الاتحاد السوفييتي في 27 تشرين الأول 1924، وظلت تحت الحكم الشيوعي السوفييتي حتى استقلالها عن الاتحاد السوفييتي في 20 حزيران سنة 1991.