تقع مدينة بنوم بنه على ضفاف نهر ميكونج، وبحيرة تونلي ساب أو تونل ساب التي تعتبر أكبر بحيرة للمياه العذبة في منطقة جنوب شرق آسيا، ونهر ميكونج يخرج من الصين، ويمر بكل من بورما، ولاوس، وتايلاند، وكمبوديا، وفيتنام، ويصب في بحر الصين الجنوبي، ويعد هذا النهر سابع أطول نهر في قارة آسيا، حيث يبلغ طوله 4350 كم تقريباً، أو 2703 ميل.
تقع مدينة بنوم بنه في جنوب كمبوديا، وتشكل هذه المدينة بحد ذاتها منطقة إدارية خاصة مستقلة، حيث لا تتبع لأي مقاطعة من مقاطعات كمبوديا التي يبلغ عددها 24 مقاطعة، فكمبوديا تقسم إدارياً إلى 25 قسماً. وتحيط بمدينة كمبوديا من كل الجهات مقاطعة تسمى بـ (كاندال)، أو بالإنجليزية (Kandal)، وهذه المقاطعة هي المقاطعة الثامنة عشر من حيث الترتيب التسلسلي لمقاطعات كمبوديا.