يعاني نظام التعليم العام في السلفادور من نقص حاد في الموارد. قد يصل حجم الفصل الدراسي في المدارس الحكومية إلى 50 طفلا، لذلك فإن السلفادوريين الذين يستطيعون تحمل التكلفة غالباً ما يرسلون أطفالهم إلى مدارس خاصة. بينما تضطر الأسر ذات الدخل الأدنى إلى الاعتماد على نظام التعليم العام.
التعليم في السلفادور مجاني خلال المرحلة الثانوية. بعد تسع سنوات من التعليم الأساسي (الابتدائي - المدرسة المتوسطة) يمتلك الطلاب خيار المدرسة الثانوية لمدة سنتين أو ثلاث سنوات. المدرسة لمدة سنتين تحضر الطالب لدخول الجامعة. بينما تسمح المدرسة لمدة ثلاث سنوات للطالب بالتخرج مع تعليم مهني والتحاقه بسوق العمل أو متابعة الدراسة في إحدى الجامعات في ذات الحقل. معدل القراءة والكتابة الوطني هو 80.1 ٪.
مرحلة ما بعد التعليم الثانوي تختلف جداً حسب التكلفة. أرخص جامعات السلفادور هي جامعة السلفادور. تدعم وتمول هذه الجامعة جزئيا من قبل الدولة لكنها تحتفظ بالاستقلال الإداري والتربوي. وهي الجامعة الرسمية الوحيدة في البلاد.
توجد العديد من الجامعات الخاصة في السلفادور:
- جامعة الدكتور خوسيه ماتياس دلغادو
- جامعة السلفادور
- جامعة أمريكا الوسطى "خوسيه سيميون كانياس "
- جامعة فرانسيسكو غافيديا
- جامعة تكنولوجيكا
- جامعة دون بوسكو
- الجامعة الإنجيلية
- جامعة الدكتور أندريس بيللو
- جامعة نويفا سان سلفادور
- جامعة ألبرت أينشتاين
- جامعة البرتو ماسفيرير السلفادوري
- جامعة وحدات ابيرتا
- جامعة العلوم التطبيقية
- الجامعة الكاثوليكية في السلفادور
- مدرسة مونيكا هيريرا للاتصالات
- كلية الأعمال والاقتصاد
تشجع المؤسسات المحلية والمنظمات غير الحكومية المزيد من تطوير التعليم