بعد الاستقلال أصبحت تيمور الشرقية إحدى دولتين فقط تتبعان الكنيسة الرومانية الكاثوليكية في آسيا (مع الفلبين). على الرغم من الأجزاء الأندونيسية القريبة من تيمور الشرقية تقطنها أغلبية كاثوليكية، بما في ذلك تيمور الغربية وفلوريس. يعرف السكان أنفسهم في الغالب روماً كاثوليك (97 ٪)، على الرغم من أن التقاليد الوثنية المحلية تمتلك تأثيراً قوياً على الثقافة المحلية. تشمل الأقليات الدينيةالمسلمين (1 ٪) (بما في ذلك رئيس الوزراء السابق مارى الكاتيرى) والبروتستانت (1 ٪) (بما في ذلك تاور ماتان رواك، قائد قوة الدفاع الوطني). الأقليات الأخرى الأصغر تشمل الهندوسية (0.5 ٪) والبوذية (0.1 ٪) وتشكل الأقليات الوثنية التقليدية الجزء المتبقي.[49][50][51] نمت عضوية الكنيسة بشكل كبير في ظل الحكم الإندونيسي، حيث أن عقيدة الدولة الاندونيسية (بانكاسيلا) لا تعترف بالمعتقدات التقليدية، وتطلب من جميع المواطنين الايمان بالله. على الرغم من أن الصراع لم يكن حول الدين، فإن المؤسسة الكنيسة ذات جذور محلية عميقة في تيمور الشرقية لا تميز فقط المنطقة عن اندونيسيا المسلمة، ولكنها لعبت دورا هاما في حركة المقاومة، ممثلة في المطران كارلوس فيليبي خيمينيس بيلو الحائز على جائزة نوبل للسلام لعام 1996.[52] يعترف الدستور بدور الكنيسة في تيمور الشرقية على الرغم من أنه ينص أيضا على كون الدولة علمانية تضمن حرية الدين للجميع.