بصرف النظر عن أنشطة الصيد الفلاحي واحتياطيات الفوسفات الكبيرة في الصحراء الغربية؛ فهذه الأخيرة لديها عدد قليل من الموارد الطبيعية كما تفتقر إلى ما يكفي من الأمطار وموارد المياه العذبة في معظم الأنشطة الزراعية. هذا مع العلم أن احتياطيات الفوسفات غير مهمة نسبيا ولا تستطيع التعويض عن غياب باقي مصادر الطاقة خصوصا أنها لا تُشكل سوى نسبة 2% من احتياطي الفوسفات لدى المملكة. لكن ما يُعطي للمنطقة أهمية أكبر هو احتمالية وجود النفط وحقول الغاز الطبيعي قبالة الساحل، وبالرغم من ذلك فالنقاش لا يزال قائما حول ما إذا كانت هذه الموارد مُربحة ويجب استغلالها ومما إذا كان هذا مسموحا به أصلا حسب قانون الأمم المتحدة للأقاليم غير المتمتعة بالحكم الذاتي.
يعتمد اقتصاد الصحراء الغربية "كليا" على الصيد ومناجم الفوسفات التي توظف ثلثي شباب المنطقة،[82] فيما يعمل الثلث الباقي بدرجة أقل في الزراعة وتُسهم السياحة (بنسبة ضعيفة) أيضا في اقتصاد الإقليم. أما معظم المواد الغذائية التي يقتنيها السكان في المناطق الحضرية فتأتي من المغرب الذي يُسيطر على كل الأنشطة الاقتصادية بما في ذلك التجارة.
شجعت الحكومة المغربية مواطنيها[b] على الانتقال للعيش في الإقليم وذلك من خلال تقديم الدعم والرقابة على أسعار السلع الأساسية. وكانت المملكة قد قدمت حوافز متعددة لسكان الجنوب وذلك من أجل تحفيزهم على العيش والبقاء في تلك المنقطة.
كشف تسرب البرقيات الدبلوماسية للولايات المتحدة الأمريكية على أن الإقليم يُشكل إلى حد ما عبئا اقتصاديا على المغرب؛ حيث قدمت المملكة 800 مليون دولار أمريكي لبرنامج الدعم في الصحراء الغربية لتكون بذلك واحدة من أكبر برامج المساعدات في التاريخ. كما تقوم المملكة بإعادة الحياة للأراضي التي تُعاني من شح موارد المياه العذبة والأمر مكلف للغاية؛ فعلى سبيل المثال لا الحصر فإن جميع مياه الشرب في مدينة العيون تأتي من مراكز تحلية تُكلف 3 دولار لكل متر مكعب علما أن السعر الوطني هو 0.0275 دولار أمريكي، أما فرق السعرين فتتكلف الحكومة المغربية بدفع ثمنه.[c] أما الوقود فيُباع بنصف سعره الحقيقي ويُعتبر من السلع الأساسية المدعومة بشكل كبير، لذلك فالشركات العاملة في الإقليم لا تدفع الضرائب، ويتم كل هذا من أجل الحفاظ على التوازن المالي في الصحراء الغربية، وبالرغم من ذلك يعتقد الخبراء أن الإقليم غير قابل للحياة من الناحية الاقتصادية كما أن سكان الإقليم غير قادرين على العيش فيه لولا الإعانات المغربية.[83][84][85][86]