يتميز مناخ مدينة سانت لويس بأنّه يشبه المناخ القاري دائم التغير ولهذا في المدينة مناخين، حيث يصل الهواء الساخن والأجواء المناخية الإستوائية الرطبة من خليج المكسيك، بالإضافة إلى أنّ الفصول الأربعة متداخلة ببعضها أيضاً، وقد تصل درجات الحرارة في شهر تموز في مدينة سانت لويس إلى ما يقارب 89 فهرنهايت، أما في فصل الشتاء في شهر كانون ثاني فتنخفض درجات الحرارة لما يقارب 65 فهرنهايت، ويقدر معدل الأمطار المتساقطة سنوياً على المدينة بما يقارب 37.15 بوصة، وقد سجلت أعلى درجة حرارة في المدينة عام 1954م، والتي وصلت إلى حوالي 115 فهرنهايت، أما أكثر درجات الحرارة للمدينة سجلت عام 1873م، والتي وصلت إلى حوالي 23 فهرنهايت.