النزاع بين شمال السودان وجنوبه
وقعت اتِّفاقية نيفاشا أو اتَّفاقية السَّلام الشامل عام 2005 بين حكومة السُّودان الممثّلة بحزب المؤتمر الوطنيّ بقيادة الرَّئيس عمر البشير وبين الحركة الشعبيَّة لتحرير السُّودان بقيادة جون قرنق، لإيقاف أطول حرب أهليّة في إفريقيا، وتعدّ هذه الحرب الأهليَّة من أكثر الحروب عنفاً وراح ضحيتها الكثير من المدنيين، وقد نشبت هذه الحرب بين الحكومة السودانية في الشمال وبين سكَّان الجنوب غير العرب.
تضمّن حق اختيار المصير التَّابع لاتِّفاقيَّة نيفاشا اختيار جنوب السودان الانفصال عن شماله وتكوين جمهوريَّة جنوب السودان بقيادة الحركة الشعبيَّة متمثِّلة بزعيمها جون قينق.
نزاع دارفور
يقع إقليم دارفور في غرب السُّودان، ويشكِّل إقليم دارفور تقريباً خمس مساحة السُّودان، ونزاع دارفور هو نزاع مُسلَّح نشب في إقليم دارفور، لأسباب قبليَّة وعرقيَّة، وقد نشب هذا النِّزاع بين طرفين أوَّلهما: قوات الجنجاويد وهم مسلَّحون من القبائل العربية وقوات الحكومة السودانيَّة، والطَّرف الثَّاني: هو خليط من المجموعات المتمرِّدة التي تنحدر من قبائل غير عربية مثل حركة العدل والمساواة وحركة تحرير السُّودان.
تسبَّبت الحرب في دارفور في قتل وتشريد آلاف الأشخاص، وما زال النِّزاع قائماً حتى الآن، وقد اتَّهمت المحكمة الجنائيّة الدولية في لاهاي عمر البشير بارتكابه جرائم حرب وجرائم ضدّ الإنسانية في حربه في دارفور، الَّتي أصدرت بدورها عام 2009م مذكرةً لاعتقاله، ويُعتبر البشير بذلك أول رئيس دولة تتمُّ ملاحقته دوليَّاً أثناء ولايته.