تبلغ المساحة الإجمالية للجزر حوالي 2.170 كيلومتر مربع، وهي مقسمة إلى ما يأتي:[٤]
- جزيرة القمر الكبرى: تقع جزيرة القمر الكبرى (بالإنجليزية: Grande Comore) في أقصى الشمال، وهي أكبر الجزر، وتبلغ مساحتها 1.148 كيلومتر مربع.
- جزيرة موهيلي: تقع جزيرة موهيلي (Mohéli) جنوب جزيرة القمر الكبرى، وتبلغ مساحتها 290 كيلومتر مربع.
- جزيرة أنجوان: تبلغ مساحة جزيرة أنجوان (Anjouan) حوالي 424 كيلومتر مربع، والتي تقع شرق جزيرة موهيلي، ويذكر بأنه توجد العديد من الجزر الصغيرة الأخرى.