بحكم الأمر الواقع، لا يوجد في الفاتيكان مدراس ابتدائية، إعدادية أو ثانوية، كذلك لا يوجد جامعات ومعاهد متخصصة بمختلف أنواع العلوم؛ لكن في الوقت نفسه، يؤثر الفاتيكان بطريقة أو بأخرى على جميع المدارس والجامعات والمعاهد الكاثوليكية حول العالم؛ ويدير بشكل مباشر عددًا منها في روما والفاتيكان، كما يدير عددًا أكبر بطريقة غير مباشرة عن طريق منح التراخيص للمعاهد والجامعات بحيث تصدر بشهادات حبرية. أماالجامعات الحبرية المباشرة في روما، فهي أولاً الجامعة الغريغورية التي أسست على يد اليسوعيين عام 1583 ولا تزال إدراتها موكولة لهم إلى اليوم،[150] وقد تأسست في عهد البابا غريغوري الثالث عشر، وتضم معاهد للاهوت والفلسفة وعلوم الكتاب المقدس والقانون والعلوم الشرقية والاجتماعية والتاريخية، أما ثاني جماعة فهي جامعة لاتيران التي أسسها البابا كليمنت الرابع عشر وأعاد تنظيمها البابا بيوس التاسع عام 1853وأوكل إليها الحق الحصري في تعليم القانون الكنسي المعروف أيضًا باسم الرّوتا، وهي اليوم تدرس الحقوق الكنسية والمدنيّة والتعليم الديني اللاهوت والفلسفة واللاهوت العائلي وتشرف على عدد كبير من المدارس والمعاهد والجامعات حول العالم؛ أما الجامعة الأوربانية تعود للبابا أوربان الثامن عام 1827 وقد جدد بنائها وبرامجها البابا يوحنا الثالث والعشرون عام 1962 وأوكل إليها مهمة "نشر الإيمان"، أي أوكل إليها مهمة الاعتناء بمعاهد اللاهوت في بلدان العالم الثالث وكان قد ألحق بها عام 1949 معهد للغات الحية وآخر عام 1960 لدرس أسباب الإلحاد، كما أن لها معاهد تدرس الثقافات المحلية وتقاليد البشر في مناطق انتشارها اليوم.
أما أحدث الجامعات فهي جامعة القديس توما الإكويني التي تأسست عام 1955 ويديرها الآباء الدومنيكان، وكذلك الجامعة الساليزيانية التي أسسها البابا بولس السادس عام 1971 وأوكل إليها مهمة التعليم الفني والتربية الحديثة.[151] أما المعاهد وعددها أكبر مثل معهد تدريس الموسيقى الدينية، ومعهد الكتابات المسيحية القديمة، ومعهد الدراسات الإسلامية، ومعهد العلوم اللاتينية، ومدرسة العلوم الدبلوماسية التي أسسها البابا كليمنت الحادي عشر وبموجب تشريع صادر عن البابا بيوس الحادي عشر عام 1937 فإن رئيس وزراء الفاتيكان يشرف شخصيًا على اختيار طلابها ووضع البرامج وإعلان الخريجين وتتعيينهم سفراء بابويين.[151] أسس بيوس الحادي عشر أيضًا الأكاديمية البابوية للعلوم، والتي تأسست عام1936 لتعزيز تقدم العلوم خصوصًا الرياضيات الفيزيائية والرياضيات الطبيعية ودراسة المشاكل المعرفية ذات الصلة، ويقع مركز الأكاديمية في قلب حدائق الفاتيكان وقد خرجت أسماء هامة في علم الفيزياء في القرن العشرين أمثال الحائزين على جائزة نوبل في الفيزياء ستيفن هوكينغ وتشارلز هارد تاون.[152
هناك أيضًا الأكاديمية البابوية لعلوم الحياة تأسست عام 1994 بطلب من البابا يوحنا بولس الثاني، بهدف دراسة مجموعة من العلوم الاجتماعية في المقام الأول هي: الاقتصاد، القانون،العلوم السياسية، إضافة إلى علم الاجتماع؛ وترتبط هذه الأكاديمية بشكل وثيق مع المجلس البابوي للعدالة والسلام.[153] أخيرًا فهناك الأكاديمية البابوية من أجل الحياة والتي تدرس اللاهوت الأدبي وكذلك فيما يتعلق بأخلاقيات الحياة العامة وأخلاقيات علم الأحياء.[154]