يقع مسجد عقبة بن نافع في مدينة القيروان، وهي المدينة التي أسسها عقبة بن نافع بعد فتحه لإفريقيا عام 80 هجري، والتي تسمى الآن بتونس، القيروان هي مدينة ساحلية تقع في شمال تونس واهتم به القادة والخلفاء والعرب على مر العصور، عملوا على توسيعه وإدخال تحسينات عليه، وحرصوا عند تجديد بنائه بعد ذلك على هيئته العامة، وقبلته ومحرابه، وقد تمت زيادة مساحته كثيراً، حتى أصبح معلما تاريخيا بارزا ومهما في تاريخنا العظيم.