يجب الامتناع عن تناول البابونج في الحالات الاتية:
- في حال كنت تعاني من الحساسية للبابونج، فقد يؤدي تناول البابونج عند البعض إلى صدمة الحساسية التي تهدد الحياة أحيانًا.
- في حال كنت تعاني من حساية حبوب اللقاح، لأنها قد تختلط بالبابونج أحيانًا مسببة الحساسية.
- الرضع، لأن البابونج قد يكون ملوثًا بجراثيم التسمم السجقي التي تؤذي الرضع والأطفال.