على الرغم من فوائد البابونج للقولون العصبي إلا أنه يمكن أن يسبب بعض الأضرار لفئة من الأشخاص، ويعود ذلك إلى احتواء البابونج على نوع من أنواع الكربوهيدرات كالقمح يعرف باسم الفودماب FodMap، وفيما يأتي بعض أضرار البابونج للقولون العصبي: