على الرغم من الفوائد العديدة التي يتضمنها الفلفل الحار، إلا أنه لا بد من التنويه إلى بعض المحاذير والاحتياطات اللازمة قبل القيام بتناوله واستخدامه، ومن هذه الاحتياطات والتحذيرات الاتي:
من المرجح أن وضع الفلفل الحار على الجلد خلال فترة الحمل والرضاعة الطبيعية امن.
ولكن لم يعرف الكثير بعد عن مقدار سلامة تناوله عن طريق الفم، لذلك ينصح بتجنبه من أجل الحد من اثارها الجانبية ومخاطرها خلال هذه الفترة.
من الممكن أن يكون استخدام الفلفل الحار على جلد الأطفال دون السن الثانية عشر غير امن في أغلب الأحيان.
وأما بالنسبة لاستخدامه عن طريق الفم لم يعرف بعد مقدار سلامته على الأطفال، لذلك ينصح بتجنب استخدامه في هذا العمر.
من المحتمل أن يتسبب استخدام الفلفل الحار في زيادة خطر النزيف لدى الأفراد الذين يعانون من اضطرابات النزيف.
ينصح في أغلب الأحيان بعدم تطبيق أو استخدام الفلفل الحار على الجلد التالف أو المتشقق.
قد يتسبب الفلفل الحار في بعض الحالات في زيادة النزيف أثناء الخضوع لعملية جراحية، أو حتى بعدها، لذلك يجب التوقف عن استخدام الفلفل الحار قبل أسبوعين على الأقل من وقت إجراء الجراحة.